L'on connaît Genève comme berceau de la Croix-Rouge et du droit protégeant les personnes en cas de conflits armés. Distincts de ce "droit international humanitaire", les droits de l'homme ont aussi leur capitale à Genève : le Palais Wilson, mis à la disposition des Nations unies par la Suisse, accueille le Haut Commissariat des Nations unies aux droits de l'homme, chargé de promouvoir et de protéger les droits de l'homme "pour tous".

Le nouveau Conseil des droits de l'homme, créé en mars 2006 par l'Assemblée générale des Nations unies, siège à Genève, où il a pris la relève de la Commission des droits de l'homme. Il tient sa principale session annuelle en mars. Plusieurs sessions sont consacrées à l'Examen périodique universel. Un Comité consultatif d'experts a remplacé, en mars 2008, l'ancienne Sous-commission de la protection et de la promotion des droits de l'homme.

De même, les différents comités traitant des droits de l'homme se réunissent plusieurs fois par an à Genève, au Palais Wilson ou au Palais des Nations : Comité des droits de l'homme, Comité des droits économiques, sociaux et culturels, Comité pour l'élimination de toutes les formes de discrimination raciale, Comité contre la torture, Comité des droits de l'enfant, et, depuis janvier 2008, Comité pour l'élimination de la discrimination à l'égard des femmes.

A Genève, sont accueillis également, parmi d'autres, les représentants de minorités et de peuples autochtones, qui nécessitent une protection spécifique.

Liées aux Nations unies, d'autres agences ayant leur siège à Genève traitent de certains droits de l'homme : Haut commissariat pour les réfugiés (HCR), Bureau international du travail (BIT), Organisation mondiale de la santé (OMS), etc.

Le Centre Henry-Dunant pour le dialogue humanitaire, créé en novembre 1998, a pour mission de promouvoir le dialogue entre tous les acteurs d'un conflit aux fins de trouver des solutions durables aux problèmes rencontrés par l'action humanitaire sur le terrain. Les activités du Centre visent en particulier à accroître le respect des principes humanitaires par les acteurs non étatiques (groupes armés, entreprises du secteur privé, etc.).

Le Centre international de déminage humanitaire (GICHD), présent à Genève depuis 1999, est l'une des contributions majeures de la Suisse à la cause de la lutte contre les mines antipersonnel dans le monde.

Les organisations non gouvernementales (ONG) engagées dans la défense des droits de l'homme sont présentes à Genève et participent aux travaux des commissions et comités des Nations unies. Deux d'entre elles : Défense des Enfants International (DEI) et l'Organisation mondiale contre la torture (OMCT) ont leur siège international à Genève.